patří k nejvýraznějším interpretům své generace, vystupuje jako sólistka a komorní hráčka na mnoha koncertních pódiích u nás i v zahraničí – Španělsko, Francie, Německo, Dánsko, Švédsko, Maďarsko, Itálie, Belgie, Kanada, Kypr, Ukrajina, Čína. Vystupovala s Pražským komorním orchestrem, Moravskou filharmonií Olomouc, Filharmonií Bohuslava Martinů Zlín aj.
Markéta Janáčková dostala řadu pozvání k účinkování na významných našich i mezinárodních pódiích - mezinárodní veletrh MIDEM v Cannes (koncert nahráván LIVE Radio France), francouzská Opera National - Studio Bastille, mezinárodní festival v Montreálu, prestižní Nadace Juan March v Madridu aj. Je držitelkou ceny Naděždy Pochlebinové - Sažinové, která je udělována nejlepším absolventům AMU oboru klavír.
Pravidelně se již od roku 1999, kdy byla pozvána k účasti na mezinárodním projektu " Zum Gedenken an die Theresienstadter Komponisten (Hamburk, Praha), věnuje tematice židovských „terezínských" autorů. S díly terezínských autorů vystoupila rovněž na koncertě nahrávaným německou TV ZDF v Terezíně. Již během studií byla podpořena Nadací Gideona Kleina.
Absolvovala pražskou HAMU ve třídě doc. B. Krajného, studia ukončila absolventským koncertem v roce 2000 s Moravskou filharmonií Olomouc. Ve svém uměleckém růstu pokračovala a nadále jej prohlubovala účastí na mistrovských kurzech v Paříži u S. Babayana, v Praze u J. Banowetze a na Schola Cantorum v Paříži u E. Indjice.
Markéta Janáčková pravidelně nahrává pro Český rozhlas a je zvána k natáčení CD. V roce 2006 realizuje spolu s Janáčkovým triem první CD s díly W.A.Mozarta, J.Suka a A.Dvořáka. O dva roky později pak CD „Komorní dílo Alfreda Schnittkeho" pro francouzského vydavatele Praga Digitals (distribuce Harmonia Mundi. Zatím poslední její CD vyšlo v roce 2012 (Supraphon) a představuje kompletní klavírní tria Josefa Bohuslava Foerstera.
Markéta Janáčková je zakládající členkou Janáčkova tria, se kterým v roce 2014 vystoupí také na festivalu Pražské jaro a na podzim v Dvořákově síni Rudolfina. Od roku 2009 působí externě jako hudební režisérka Českého rozhlasu, od téhož roku je místopředsedkyní Fóra mladých. Věnuje se také pedagogické činnosti a vyučuje klavír na English Intenational School Prague.